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SNT

細胞突起

安裝

SNT 目前是透過 Fiji 的 Neuroanatomy 更新站點進行分發。

第一次從 Fiji 選單 (Plugins › Neuroanatomy › SNT) 啟動 SNT 時，系統應該會提示自動下載所需的相依套件。如果沒有出現提示：

  1. 執行 Fiji (Help › Update…)。
  2. 點擊 Manage update sites。
  3. 搜尋並勾選 Neuroanatomy 更新站點。
  4. 點擊 Apply changes 並重新啟動 Fiji。

自動追蹤

  1. 建立二值化影像，並圈選出細胞本體，然後開啟SNT，如果合要求，自動會問是否進行自動追蹤。
  2. 若無，則在SNT視窗執行File > Autotrace Segmented Image..進行設定
  3. 若要更改參數重作trace，則執行SNT的Utitlities > Extract Paths from Segmented Image...

手動追蹤

1. 開始一條新路徑

步驟 I：選擇起點

步驟 II：選擇後續點

步驟 III：確認臨時路徑

小提示： 熟練後，您可以在 Options 選項卡下的 Temporary Paths 區塊中關閉臨時路徑的確認步驟，以加快追蹤速度。

2. 從現有路徑分岔

步驟 I：選擇要分岔的路徑

步驟 II：選擇分岔點

步驟 III：延伸路徑

一旦選定分岔點，就可以像追蹤新路徑一樣，依照上述步驟繼續延伸路徑（建立臨時路徑並確認）。當您完成這條分岔路徑時，在路徑管理器中會看到它被記錄為原始路徑的「子路徑」。

小提示： 您也可以在 Options 選項卡下的 Temporary Paths 區塊中簡化分岔的快速鍵組合。

精準點位放置

本方法要求 XY、ZY 和 XZ 視圖都可見，以實現精確定位。

  1. 尋找大致位置： 在 XY 視窗中移動滑鼠，按住 Shift 鍵同步所有視圖。
  2. 啟用自動吸附： 在 Main 標籤頁中啟用「游標自動吸附」，讓游標自動吸附到局部最大值。紅色十字游標會標示最有可能的位置。
  3. 放大： 按 + 鍵放大，所有視窗都會以游標位置為中心放大。每次放大後，請確保游標仍停留在目標結構上。您可以在 Options 選項卡的 Views 元件中調整是否同步所有視圖的縮放。
  4. 定位中心：
    • 如果自動吸附已啟用，只需將滑鼠懸停在結構上。
    • 否則，在每個視窗中移動滑鼠並使用滾輪，同時按住 Shift 鍵同步視圖。
  5. 常用快捷鍵：
    • S 鍵： 隨時按 S 可切換自動吸附。
    • M 鍵： 按 M 可「點擊」體素列中最亮的體素。
  6. 開始路徑： 在滿意的點位上點擊滑鼠左鍵。
  7. 精修： 追蹤完成後，可在路徑管理器中使用 Refine/Fit › Fit Path... 選項，將路徑對齊到結構的中線。

在舊版 3D 查看器中追蹤

舊版 3D 查看器允許在 3D 場景中進行追蹤。

  1. 啟動查看器： 在 SNT 對話框的 3D 選單中，選擇 Legacy 3D Viewer。在 Viewer 下拉選單中選擇 New with image… 並按下 Apply。
  2. 追蹤與導航：
    • 追蹤模式： 在 ImageJ 工具列中按 W 鍵激活「魔術棒工具」，然後在 3D 場景中點擊。追蹤方式與 2D 相同。
    • 分岔： 像 2D 畫布一樣，按住 Alt + Shift 進行分岔。
    • 導航模式： 按 H 鍵激活「手形工具」來與場景互動。
    • 旋轉： 按住滑鼠中鍵並拖曳。如果手形工具激活，可使用左鍵拖曳。
    • 平移： 按住 Shift + 滑鼠中鍵並拖曳。如果手形工具激活，可使用 Shift + 左鍵拖曳。
    • 縮放： 使用滑鼠滾輪。
    • 提示： 3D 查看器無法識別 2D 畫布的右鍵選單，例如 Path Editing。

合併/連接路徑 (Merging/Joining Paths)

您可以在 Edit Mode 中合併或連接兩條路徑。

  1. 進入編輯模式： 選擇一條路徑，在影像畫布上右鍵點擊，選擇 Edit Mode。
  2. 激活合併節點： 將滑鼠懸停在要合併的第一個節點上。
  3. 選擇第二條路徑： 按 G 鍵選擇第二條路徑，並懸停在第二個合併節點上。
  4. 執行合併： 打開右鍵選單，從 Connect To (Start Join) 或 Connect To (End Join) 選單中選擇第一條路徑。

重要提示： - 只有當至少一個節點是末端節點時才能合併，以避免創建循環。 - 合併方向從父路徑到子路徑。如果方向錯誤，SNT 會自動重新定向。 - 禁止創建循環連接。 - 推薦使用路徑管理器 (Path Manager) 中的 Edit 選單來合併或連接路徑。

如何獲取所有突起的長度

在 SNT 中，要獲取所有突起（或稱分支、枝芽）的長度，您主要會使用「Measurements (測量)」功能。SNT 提供了多種方式來進行測量，具體取決於您是想測量整個細胞的突起，還是選定部分路徑的突起。

測量完整細胞的突起長度 (Cell-based Measurements)

如果您想測量一個完整的、已經重建好的細胞（SNT 稱之為「connected component」，即有根的樹狀結構）的所有突起長度，可以這樣操作：

  1. 開啟 SNT 主介面： 確保您的 SNT 插件已啟動。
  2. 選擇命令：
    • 在 SNT 的主對話框中，點擊選單列的 Analysis › Measure…。
    • 或者，如果您正在使用 Reconstruction Viewer (重建查看器)，則點擊 Analyze & Measure ›。
  3. 配置測量對話框：
    • 這會開啟一個「Measurements」對話框。
    • 在這裡，您可以搜尋和選擇您感興趣的指標。對於「所有突起的長度」，您通常會尋找類似於 Cable Length (纜線長度) 或 Total Length (總長度) 這樣的指標。
    • 您還可以選擇渲染測量過的細胞，並匯總現有的測量結果。
    • 透過「齒輪」選單 (Gear menu)，還可以訪問離線指南。
  4. 執行測量： 確認您的選擇後，點擊對話框中的按鈕（通常是 OK 或 Measure）來執行測量。SNT 會輸出一個表格，其中包含您選擇的所有指標的數據。

測量選定路徑的突起長度 (Path-based Measurements)

如果您只想測量 Path Manager 中選定的一組路徑（例如，您只對某個特定區域或特定分支的枝芽長度感興趣），則可以透過 Path Manager 進行操作：

  1. 開啟 Path Manager： 確保您的 Path Manager 視窗已開啟，並顯示您的重建路徑。
  2. 選擇/過濾路徑： 在 Path Manager 中，選取（點擊）或過濾出您想要測量的特定路徑。
  3. 選擇命令： 在 Path Manager 的選單中，點擊 Analyze › Measurements。
  4. 獲取結果： 這將針對您選定的路徑，生成相應的測量結果。

區分細胞級和路徑級測量的重要性： SNT 區分了這兩類測量是為了提供靈活性： - 路徑級測量可以對任何結構執行，甚至是有循環 (loops) 的結構。 - 細胞級測量要求結構必須是一個圖論樹 (graph-theoretic tree)（即沒有循環，每個節點只有一條通往根部的路徑）。

大部分 SNT 測量指標在 Metrics 頁面有詳細描述。GUI 中可用的測量通常是單一值的指標，而許多其他測量則可以透過腳本來獲取。

快速測量 (Quick Measurements)

SNT 還提供了一個便利的 Quick Measurements 命令：

這個命令會使用預設設定立即檢索常用指標，無需額外的提示。

注意事項