ImageJ與Fiji的差異及安裝指南
簡介
Fiji（Fiji Is Just ImageJ）是imagej + 預裝plugins。推薦使用Fiji進行醫學影像分析。
版本比較
ImageJ
- 核心功能精簡
- 運行速度較快
- 佔用資源少
- 適合基礎影像處理（Image Processing）
- 需要手動安裝插件（Plugins）
FIJI
- 預裝大量插件（Plugins）
- 更新頻率較高
- 內建教學資源
- 適合進階分析（Advanced Analysis）
- 佔用空間較大
功能特色比較
| 功能 | ImageJ | Fiji |
|---|---|---|
| 基礎影像處理（Image Processing） | ✓ | ✓ |
| Bio-Formats 支援 | 需額外安裝 | 內建 |
| 3D 影像分析（3D Image Analysis） | 需額外安裝 | 內建 |
| 機器學習支援（Machine Learning） | 需額外安裝 | 內建基礎功能 |
Fiji安裝步驟
1. 下載 Fiji
FIJI官方網站 下載適合作業系統的版本： - Windows 64-bit - Windows 32-bit - macOS（Intel/Apple Silicon） - Linux（64-bit）
2. 安裝與設定
- 解壓縮下載的檔案到想安裝的位置
- 執行 fiji-windows-x64.exe
- 執行
Help > Update ImageJ...：此步驟會更新 ImageJ 的核心檔案 (ij.jar)，確保軟體底層引擎為最新版本。更新頻率 相對較低。只有當 ImageJ 的核心功能有重大修復或改進時，才會有新版本。 - 執行
Help > Update...：此步驟會開啟 Fiji 的完整更新管理器，用來更新所有 Plugins、腳本和函式庫，確保整個分析環境保持最新狀態。日常更新主要使用此選項。更新頻率非常頻繁。因為生態系中任何一個小Plugin的更新都會被偵測到。
注意事項
- 建議安裝在非系統槽（如D槽）的純英文路徑
- 確保安裝位置有足夠的硬碟空間（約2GB）
- 需要網路連接進行自動更新
- 可能需要管理員權限進行安裝
記憶體設定
調整記憶體分配
Edit > Options > Memory & Threads- 建議設定：
- 最大記憶體（Maximum Memory）：系統RAM的70%
- 執行緒數量（Parallel Threads）：CPU核心數-1
為什麼要這樣設定？
這些建議值是為了在 Fiji 效能 與 系統穩定性 之間取得平衡：
- 最大記憶體 (70% of RAM):
- 原因： 影像處理（特別是Z-stack、時間序列或高解析度影像）非常消耗記憶體。將大部分記憶體分配給 Fiji 可以讓它在處理大型檔案時更快速、更流暢，避免因記憶體不足而崩潰或使用緩慢的硬碟虛擬記憶體。
為何不是100%： 作業系統（Windows/macOS）以及其他背景程式（如瀏覽器、通訊軟體）也需要記憶體來維持運作。保留一部分記憶體（約30%）可以確保在 Fiji 執行高強度運算時，電腦依然能保持穩定和回應。
執行緒數量 (CPU核心數 - 1):
- 原因： 現代電腦的 CPU 大多有多個核心，可以同時執行多個任務（平行運算）。讓 Fiji 使用多個核心（執行緒）可以大幅縮短某些濾鏡或插件的處理時間。
- 為何要減 1： 同樣地，作業系統也需要至少一個 CPU 核心來處理背景任務、更新使用者介面。
如何在 Windows 查看記憶體與核心數？
- 按下
Ctrl + Shift + Esc開啟「工作管理員」。- 切換到「效能」分頁。
- 記憶體：點擊「記憶體」，右上角會顯示總量。
- 核心數：點擊「CPU」，右下角會顯示「核心」數量。