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基本分析工具

測量與分析工具

影像資訊（Image Info）

應用時機： - 檢查顯微鏡拍攝參數是否正確 - 確認影像解析度是否足夠進行分析 - 驗證不同批次影像的一致性 - 準備發表文章時確認影像規格

操作流程： - 使用 Image > Show Info 查看： - 影像尺寸（Dimensions） - 解析度（Resolution） - 色彩深度（Bit Depth） - 檔案資訊（File Info）

1. File > Open... 開啟影像
2. Image > Show Info 顯示資訊
3. Image > Properties... 查看詳細屬性

重要參數檢查： - 像素大小：確認空間解析度（例如：0.2μm/pixel） - 影像大小：確保記憶體足夠處理（如：2048x2048） - 位元深度：確認動態範圍（常見：8-bit或16-bit）

直方圖分析（Histogram）

應用時機： - 評估影像曝光是否適當 - 檢查影像對比度 - 判斷閾值分割的合適範圍 - 分析螢光強度分布

操作流程： - 使用 Analyze > Histogram 進行： - 灰階分布分析 - 像素值統計 - 對比度評估 - 曝光度檢查

1. Analyze > Histogram
2. 設定bins數量（預設256）
3. 勾選相關選項：
4. Show Statistics
5. Copy to Results
6. List Values

分析要點： - 正常曝光：峰值應在中間範圍 - 過度曝光：出現在最右側截斷 - 曝光不足：分布集中在左側

ROI管理器（ROI Manager）

應用時機： - 多個細胞的批次測量 - 時間序列中追蹤固定區域 - 不同切片間對應區域比較 - 重複實驗的標準化分析

操作流程： - 使用 Analyze > Tools > ROI Manager： - 儲存選擇區域 - 批次測量 - ROI集合管理 - 標記位置記錄

1. 選擇ROI工具（矩形、橢圓等）
2. Analyze > Tools > ROI Manager
3. Add 添加選區
4. Measure 進行測量

基本測量功能

測量參數配置

• 使用 Analyze > Set Measurements
• 常用測量項目：
• Area（面積）
• Mean gray value（平均灰度值）
• Integrated density（積分密度）
• Standard deviation（標準差）
• Min & max gray value（最大最小灰度值）
• Perimeter（周長）
• Shape descriptors（形狀描述子）

空間測量

空間校正

• 比例尺設定
• 單位轉換
• 校正標準

應用案例： 1. 長度測量 - 神經突觸長度測量 - 血管分支長度計算 - 細胞遷移距離追蹤

操作流程： 1. 設定比例尺：Analyze > Set Scale 2. 選擇直線工具 3. 繪製測量線 4. 按M鍵測量或Analyze > Measure

1. 面積測量 應用：
2. 細胞面積統計
3. 組織切片面積計算
4. 腫瘤生長面積追蹤

操作流程： 1. 選擇選擇工具（矩形/橢圓/多邊形） 2. 圈選目標區域 3. Analyze > Measure 4. Results視窗查看結果

密度測量

應用案例： 1. 光密度測量 - 蛋白質表達量分析 - 組織染色強度評估 - 螢光標記定量分析

操作流程： 1. Analyze > Set Measurements... - 勾選 Mean gray value - 勾選 Integrated density 2. 選擇測量區域 3. Analyze > Measure

數據分析

基本統計

• 平均值（Mean）
• 標準差（Standard Deviation）
• 最大/最小值
• 中位數（Median）

數據輸出

• Excel格式
• CSV格式
• 文字檔案

批次處理實例

應用場景： 1. 大量切片分析 - 100張組織切片的面積測量 - 多個視野的細胞計數 - 時間序列的螢光強度追蹤

操作流程： 1. 錄製巨集： Plugins > Macros > Record... 2. 執行標準操作流程： - 開啟影像 - 設定閾值 - 執行測量 - 保存結果 3. 停止錄製並保存巨集 4. 批次執行： Process > Batch > Macro...

實作練習

練習 1：基本測量

1. 選擇測量區域
2. 設定測量參數
3. 執行測量
4. 分析測量結果

練習1：細胞面積測量

目標：測量50個細胞的面積並進行統計分析

步驟： 1. 開啟影像：File > Open... 2. 設定比例尺：Analyze > Set Scale... 3. 設定測量項目： Analyze > Set Measurements... - Area - Mean gray value - Perimeter 4. 使用ROI Manager批次測量： - 圈選細胞 - Add to ROI Manager - Measure All 5. 數據分析： - 計算平均值和標準差 - 繪製分布圖 - 導出Excel進行進階分析

練習2：螢光強度定量

目標：分析細胞核和細胞質的螢光強度比值

步驟： 1. 分離通道：Image > Color > Split Channels 2. 設定測量參數： - Integrated density - Area - Mean gray value 3. 測量細胞核： - 使用DAPI通道作為遮罩 - 測量目標蛋白通道的強度 4. 測量細胞質： - 擴展選擇區域 - 減去核區域的值 5. 計算比值並統計